Flores fue presentado por la fiscalía junto a 3 ciudadanos desde agosto 2018, en el Juzgado de Distrito Penal de Audiencias de Diriamba, Carazo, la Fiscalía les imputó los delitos de "secuestro simple, crimen organizado, entorpecimiento del servicio público (transporte) y tortura".
Entre los acusados aparecen Vidal José Canizales Hernández, Pedro José Flores Álvarez, Antonio Álvarez García y Hernán de Jesús López mismos que continúan en prisión. En la acusación aparecen como víctimas dos trabajadores de la Alcaldía de Diriamba, quienes según el ente acusador, fueron secuestrados y torturados por los acusados que estuvieron en un tranque antigubernamental.
El pueblo de Diriamba ha pedido a través de redes sociales la liberación de don Pedro y los otros diriambinos que llevan meses en prisión.
